Nature：中国肝癌图谱

  海军军医大学王红阳院士/陈磊研究员课题组、北京大学生物医学前沿创新中心/北京未来基因诊断高精尖创新中心白凡教授课题组、杜克-新加坡国立大学医学院Steven G. Rozen教授课题组及福建和瑞基因吴琳博士团队合作，开展了中国肝细胞癌图谱（CLCA）项目，并对494例HCC肿瘤进行了深度全基因组测序（平均深度为120×）。他们发现了6个编码和28个未描述的非编码驱动基因候选者。他们还发现了五个以前未描述的突变特征，包括与马兜铃酸相关的插入缺失和双峰碱基特征，以及一个称为SBS_H8的单碱基替换特征。五核苷酸上下文分析和实验验证证实，SBS_H8与马兜铃酸相关的SBS22是不同的。值得注意的是，HBV整合可以采取外显圆形DNA的形式，导致基因拷贝数和基因表达升高。他们的高深度数据还使他们能够表征亚克隆簇聚的改变，包括染色体断裂、染色体交换和疱状基因，表明这些灾难性事件也可能发生在肝细胞癌发生的后期阶段。对所有类别的变化的通路分析进一步将非编码突变与肝脏代谢失调联系起来。最后，研究者进行了体外和体内实验，表明纤维蛋白原α链（FGA）作为编码和非编码驱动基因的候选者，调节了HCC的进展和转移。这项CLCA研究描绘了中国个体HCC的详细基因组景观和进化历史，提供了重要的临床意义。该研究成果以“Deep whole-genome analysis of 494 hepatocellular carcinomas”为题发表在Nature上。